农民违法建房几乎无人管理，致使农民建房无序现象十分严重，每个乡镇每个村几乎都有农民擅自在自己承包地建房的违法现象发生。先富起来的一部分人，逐渐沿路占用耕地建起了新房，老村庄形成了“空心村”，土地利用率极低，造成了大量土地闲置。老的村庄没有得到复垦，新的占地违法事实形成，且占用的又是基本农田，造成土地违法案件、土地纠纷信访案件不断上升。很多问题引起的土地矛盾纠纷在农村时有发生，影响了农村社会稳定和经济发展，给和谐社会带来了多种不和谐的因素。当前，农村违法占地建房存在的问题主要表现在以下几个方面：
一、借新农村建设之名违法占地
新农村建设应当按照“生产发展、生活富裕、乡风文明、村容整洁、管理民主”的总体要求逐步推进。是在农民自愿的前提下，鼓励有条件的地方按照集中居住、加强基础设施建设、拆旧建新、整理旧村空闲地的前提下逐步实施。一些干部和群众在新农村建设上认识不足。另外有些乡村干部法制观念淡簿和部分群众曲解党和政府一系列惠民政策，认为分给自己的承包地可以任意使用，一些村民擅自将自己的承包的土地改变用途，进行非农建设。简单认为新农村建设就是“建新房”，可以随意占地，不顾当地的整体发展水平、不充分征求群众意见、不进行合法规划，盲目占用耕地，随心所欲搞形象工程，造成新一轮的大量违法占地。
二、村庄和集镇建设规划滞后
目前正在实施的土地利用总体规划始编于1997年，批准实施于1999年，远不能适应当前社会经济发展的需要，村庄和集镇建设规划更是乡镇、城建、国土多头管理，致使实际形成有人管理、无人牵头的现象。村庄和集镇建设规划也与农民当前的经济承受能力、思想观念多种因素形成一定差距。例如按目前新农村规划实施要求，几个自然村要合并成一个中心村，农户建房规划新址就与原承包田地产生了一定的距离，给原承包户农田的耕种管理和使用带来诸多不便;再者，张姓小庄不愿进李姓大庄，造成很多农民宁愿在自己可耕地上建房，也不愿在中心村规划新址选址建房。农村道路的修建给群众生活带来了方便，沿路、沿线交通的便利，少部分农民于是就在自己所承包的耕地上建起了房子，拉上了院子。更有甚者占用耕地做起了生意，造起了厂房。严重侵占了集体利益，改变了土地使用用途，占用了基本农田，引起大部分群众的不满和抵制。
三、国土资源管理体制不顺，执法监察难以实施
由于前几年乡镇机构改革，原隶属县局管理的土地所下放到乡镇管理，成立“土地村镇建管所”，人员减少到三人，但却肩负着国土、建委、环保三家管理职责。乡镇党委、政府还要抽调土地管理人员从事乡镇一些中心工作，诸如包村包点，抽调其它工作等，他们根本无暇顾及本职工作，致使这些年农村违法占地建房失控。即使土地管理人员发现违法占地建房户土地管理人员想管，但毕竟人少势单，只能口头通知停工。土地管理人员一走开，违法占地建房又开始了，这种违法占地游击战农村十分多见。今天看见违法用地及时制止并发出停建通知书，要求恢复原状后，几天后土地管理人员再次来看，房子已经建好，甚至人都搬进去了，造成土地违法占地建房事实形成，土地管理人员再进行处理就很难下手。
四、法律和政策上的问题
《中华人民共和国土地管理法》第六条规定：土地行政主管部门有权“责令非法占用土地的单位或者个人停止违反土地管理法律、法规的行为”。“责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的建设单位或者个人必须立即停止施工，自行拆除，对继续施工的，作出处罚决定的机关有权制止”。但对如何制止，法律没有规定强制措施，没有赋予土地行政执法部门强制措施。国土资源部《土地违法案件查处办法》虽然规定可以查封施工设备，但在实际工作中作用不大，土地管理人员你前脚走，违法占用土地、违法占地建房他后脚又进行。另外《中华人民共和国土地管理法》规定：“买卖或者以其他形式非法转让土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门没收违法所得，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施;可以并处罚款;对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。”对农民违法建房的处罚只有拆除违法建筑，恢复土地原貌。面对众多的违法建房户，即使都进行了依法处罚，申请人民法院强制拆除，也是很难执行到位，只能无助地看着耕地一点点地被乱占滥用。法律对有些方面虽有禁止条款，却没有责任条款。如基本农田保护“五个不准 ”1、不准除法律规定的国家重点建设项目之外的非农建设占用基本农田。 2、不准以退耕还林为名，将耕件条件良好的基本农田纳入退耕范围，违反土地利用总体规划随意减少基本农田面积。 3、不准占用基本农田进行植树造林、发展林果业。 4、不准以农业结构调整为名，在基本农田内挖塘养鱼和进行畜禽养殖，以及其他严重破坏耕作层的生产经营活动。 5、不准占用基本农田进行绿色通道和绿化隔离带建设。但违反规定的应追究什么责任，法律没有规定。有些地方政府为了积极推进新农村建设，出台了一系列优惠政策、进行扶持资金等。一些单位和个人就打着新农村建设的幌子钻政策的空子，进行违法用地，甚至进行房地产开发，形成新一轮的违法占地不断发生。
